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Gómez Moreno 1984 explica algunas de las peculiaridades de las signaturas se la RAE. Nota que la RAH tiene concordancias de equivalencias por lo cual es bastante fácil identificar un manuscrito cpor su signatura actual o por cualquier de las antiguas.

En principio los MSS llevaban signaturas tripartitas, del tipo 9-9-1, correspondiendo el primer número a la sala, el segundo al estante, y el tercero a la grada. Tenía el inconveniente que MSS en la misma grada tenían la misma signatura. Esto motivó la adición de un número correlativo final para señalar sin embages un MS determinado, así: 9-9-1/1505.

Actualmente la RAH preconiza el uso de una signatura de dos partes, un número para la sala y otro para el MS: 9/1505. quedando 9-9-1/1505 como alternativa.

Debe notarse también que muchos de los MSS ahora en la sala 9 estaban en la sala 12, por lo cual es fecuente encontrar signaturas antiguas del formato 12-25-4.

Finalmente, muchos MSS, sobre todo de la ingente Coleccción Salazar y Castro (1.498 vols.), del historiador, genealogista y cronista de Indias Luis de Salazar y Castro (1658-1734), llevaban una letra del alfabeto y un número, así C-65.

La signatura de ese MS de las Siete partidas de Alfonso X (manid 3325) pasó sucesivamente de C-65 a 12-25-4 = C-65 a 9-25-4 = C-65 a 9-28-3 (con un cambio de estante y grada) a 9-28-3/5486 a 9/5486